プロローグ
オープニングデモ
マルスコーポレーションの悪巧みによって、歴史が、ねじ曲げられてしまった! ブラウン博士登場。そっくりな人ではなくワールドヒーローズを開催したブラウン博士と同一人物です。
至急、調査に向かい奴らの野望をたたき潰して欲しい! どう見ても「WH」より若い!つまり、タイムマシンは「開発」したのではなく………マルスコーポレーションの技術盗みやがったんですね、この人。で、二十世紀に居ついた。WHにハンゾウとフウマを招待したのは当然、ニンジャコマンドーで忍者の実力を知っていて、その流派の最強の使い手に興味があったからでしょう。

潜入マルスコーポレーション
あれがマルスコーポレーションか!まるで ようさいだぜ! 
はかせのはなしによると、こがたのタイムマシーンが、どこかにかくされているはずよ! このセリフからもブラウン博士自身がタイムマシーンを用意出来なかった…開発出来なかった事がわかります。
それをうばって くるった歴史をなおすわけでござるな! いざ、まいろう! その後、ニンジャコマンドーを組織したブラウン博士は「歴史上、誰が一番強かったのか?」という下らない事を試したくなり、歴史をぶち壊します。フウマなんて博士と一緒になって二十世紀に居ついちゃったし。…あんたの先祖が歴史壊しとる。
まるでようさいだぜなマルスコーポレーションの中枢に遂に入り込んだニンジャコマンドー。そこには…首領「スパイダー」が突っ立っていました。何故、首領が突っ立っているのか?何をしていたのか?全ては謎である。はっ、これは影武者?
突如襲い掛かってくる謎のマシン。当然撃退します!
乗り込むのかよッ!襲い掛かってきたマシンの同型に乗り込む3人。どーやらさっきのはタイムマシンだった模様。タイムマシンの最終セキュリティだったんですね…タイムマシンのある部屋の前でスパイダーが何故に突っ立っていたのかは未だ謎ですが。

潜入マルスコーポレーション−ボス戦後−
おっと!マシンの ちょうしがおかしいぜ!じかん かいろがいかれちまった! 時間回路だとか知ってるっていう事はタイムマシーンを扱うのは初めてではないらしい。何故?というか「ちょうしがおかしい」?もしかして同型じゃなくてさっき戦ったマシンそのものか?だとしたら…
あんたらが壊したんです。
だれかが、つうしんかいろにアクセスしてきたわ! 
我の野望を乱す者よ 時空をさまよい朽ち果てるがよい! マルスコーポレーション首領スパイダー登場。ワールドヒーローズとの戦いに敗れ未来に逃げ込み老け込んだゼウス様です、きっと。
おのれ スパイダーめ!とりあえず どこかの時代にたいひ するでござる 退避というか迷走

日本戦国時代
何やらなつかしいばしょだぜ!
ここは日本!しかも戦国時代!
 証拠も無いのに日本の戦国時代と言い切るレイア嬢。時空認識能力でもあるのでしょうか?
しかも我がふうまのしゅくてき、のぶながの しろでござる!まおう、うつべし! 信長の城とか言い切ってるし。風魔の宿敵とか言ってるし。っつうか歴史変える気十分だし!光秀の出番奪っちゃダメです。
城門前での最後の抵抗。弓矢対弓矢。私なら橋を落とした上で城壁の内側から弓で撃ちます
相手が女子供であれ容赦はしない。それがニンジャコマンドー。
突如現れた双子(?)の力士。逆立ちして襲ってくるわ、張り手から炎の球を発射するわで相撲ではないようだ。つまり力士ではない…というか、それ以前の問題として
デカすぎだろッ
人間では有り得ない大きさ、これはまさか…戦術鬼!?

日本戦国時代−中ボス戦後−
すもうパワーには まいったな!
まだまだ ゆだんは できないわ!
このさきは、何やら しかけがあるような けはいで ござる!
違います、アレは相撲パワーではありません。大日本帝国が作り上げた改造人間「戦術鬼」の力です。
姿を現した安土城城主・信長。やる気は全然無いようでただただ舞っています。目の前で次々と焼殺され、人としてどーかと思うのけぞり方をしている部下を気にも留めずただ舞い続けます。魔王信長…人の心を失った男。
いきなり巨大化する信長。彼もまた
戦術鬼
に改造されていたようです。こんな巨大な刀と鎧は常人には作れませんから、先に倒したあの力士ではない双子の力士が実は武器職人だったのでしょう。
ごーーーーーっついタイガーバズーカを放つデカすぎ信長。この姿を見た光秀は決意したという…反逆を。…いや、勝てないけど、常人では戦術鬼には。

日本戦国時代−ボス戦後−
あれは、ほんとうに のぶながだったのか?
じょせいに てをだしたのは、やりすぎじゃないの!
 信長を素体にした「戦術鬼」です。
 手を出して全身火ダルマにしたのはあなたです。それとも女性の権利どーこーな団体にケチつけられないように「あの程度ならやりすぎじゃないのよ」って言ってますか?
しんぱい ごむよう! みねうちで ござる! 違います。この惨状はみねうちではないです。
どうやら我を ほんきで おこらせてしまったようだな!

原始時代
どうやら原始時代のようだ!あそこに原始じんが いるぜ!
えっ! まだこの時代に にんげんは いないはずだわ!
 「原始じん」という「証拠」をもって「原始時代」だというジョーに対して、何ら確証も無く「この時代には人間はいない」というレイア嬢。
 「この時代」とはいつの時代だ!!やはり、時空認識能力があるらしいレイア嬢。
わかりもうした! スパイダーのてしたでござる! いざ、とつげき! そしてレイアを信じてスパイダーの手下と断定するリュー。もし違っていたらただの虐殺だ!それを気にしない以上、レイアの時空認識能力は本物なのだろう……きっと。
 「てきとー」言ってるわけではないのだろう……きっと。
巨大植物や青い巨大生物がいる時代でヘンな格好で戦わねばならないスパイダーの手下。秘密結社のシタッパ戦闘員は実に大変である。
郷に入っては郷に従え。何もこんな格好で槍で戦わずとも未来兵器を使えばいいと思うのだが、やはり戦闘員は大変である。っつうかその時代の人間なんじゃないのか?マルスコーポレーションを神とあがめているんじゃないのか?…レイアが言ってる事はやはりアテにならない。

原始時代−中ボス戦後−
いったい、奴は何だったんだ!
マルスコーポレーションとくせいのじんぞうにんげんよ!
このさきが、きっと奴らのアジトでござる!
マルスの人造人間と言い切るレイア嬢。やはり「てきとー」言ってるだけな気が。
 しかし、惜しい!大日本帝国の戦術鬼だ、アレは。
「奴らのアジト」とは思えない何も無い場所で必死に祈る「スパイダーの部下」。全く持ってマルスコーポレーションの社員は大変である。
炎を吐く巨大トカゲ登場
メカだった。

原始時代−ボス戦後−
なかなか やるな!しかし、あそびもこれまでだ! 日本の戦国時代では本気で怒ってしまったスパイダーだが、どうやら遊んでいただけらしい。
ばくはつのショックで、タイムスリップが始まったようだぜ
どこに とばされるのかしら?
 
きっと てきのアジトの ひとつでござろう! 

エジプト時代
やけにうすきみ悪いところだぜ!
エジプトの、のろいはきっとスパイダーのしわざよ!
何やらあやしい けはいが するでござる! 気をつけてまいろう!
 遂にエジプトの呪いまでマルスの仕業にしてしまったレイア嬢。
 このまま放っておけばバミューダトライアングルでの事故多発やらミステリーサークルやらも責任なすりつけられそうなマルス…ピンチだ、マルス。
 っつかエジプトの呪いじゃなくてファラオの呪いだ!
時代を超えて逃げ回るスパイダー。ご苦労な事だ。が、逃げているというよりは挑発してる感じ。いっつもこっち向いてるし。
怪しい雰囲気
そして登場するミイラ男。時代と場所に合わせた怪物を作る辺り、スパイダーは粋な男だ。

エジプト時代−中ボス戦後−
あいつは、マルスコーポレーションとくせいの じんぞうにんげんか?
あれは、ホンモノよ!
・・・・・・・・・・
 エジプトの呪いはマルスの仕業だと言っておきながら、ミイラ男はマルスとは無関係だと言い張るレイア嬢。
 それとも「本物」ってのは何か別な意味が?
グラディウスの「ゴーレム」みたいな黄金マスク。実に悪趣味である。何故、脚をつけないのか?

エジプト時代−ボス戦後−
やっぱり、スパイダーの しわざだったぜ!
わたし少し こわかった!
せっしゃも、バケモノは にがてでござる。
 本当に怖いのは「呪いの原因」をマルスに押し付けてしまうレイア嬢。
おのーれ、おのーれ!おまえら一体何者なのだ!我をここまで苦しめるとは! 時空認識能力を持っていて、人造人間判定も出来る美人薄命娘とみねうち忍者とその他1名。

三国時代
とうとう、ここまできたな!
そのせりふは、まだはやいわ!
ここは ちゅうごく、どのようなきょうてきが ひそんでいるか わからぬ!こころして、まいろう!
 中国だから「強敵」がいると認識しているリュー。レイアがてきとー言わないかと思えば、リューがヘンな事を言うし。
大河での死闘。…成人の膝程度の浅さで船を使うのはどうだだろう?という気はするが絵になる図ではある。
やたらとデカい3人組が登場。当然、戦術鬼である。3人の姿がそっくりなのはクローン技術によるものであろう。

三国時代−中ボス戦後−
でかいわりに、みょうな じゅつをつかうやつ だったぜ!
あれは、にんじゅつとも ちがうわ
このさきには、もっとスゴイじゅつをつかう奴が いるはずで ござる!
 体の大きさと使う術は関係無いっていうか、相撲パワー使わないだけマシだと思え。
 そしてしつこく強敵を意識するリュー。…中国で昔、何かあったのだろう、きっと。
やっぱりデカいリョフ。ワールドヒーローズでゼウスを裏切った酬いを受けて戦術鬼にされてしまったようである。
みねうち忍者の本領発揮。首が切れてしまったリョフ。しかし「みねうち」なので死んでいません。
頭から尾が生えてきて竜に変身してしまったリョフ。ゼウスを裏切るとこのような目に遭うらしい。

三国時代−ボス戦後−
おのれアジア最後の砦を!こうなれば ヨーロッパで最後の決戦だ! 

第2次世界大戦
とうとうスパイダーのおでましか!わくわくするぜ!
ゆだんは きんもつよ! スパイダーのテクノロジーはあなどれないわ!
 「とうとう?」…毎回毎回、どこの時代でもスパイダーと遭遇していたような気がするんですが?で、何故に「この時代」だとスパイダーに会えると確信してますか?
この時代に、未来へいきをもちこんでいる かのうせいが たかいでござる! 
手榴弾でニンジャコマンドーに対抗する兵士。その時代の本当の兵士だとしたら彼らにとってはかなり迷惑な話である。
戦車も一瞬で破壊してしまうニンジャコマンドー
戦車に乗り込むスパイダー。…最初からそこで待っていればいいものを、様々な時代を散々逃げ回ったスパイダーは男である。

第2次世界大戦−ボス戦後−
これで勝ったと思うな!我がテクノロジーは永遠に不滅だ! 
とうとう やった!これで へいわが とりもどせたぜ!
しかし、マルスコーポレーションは無キズだわ!
そうでござる!メインコンピュータが あるかぎり、第2、第3のスパイダーが あらわれる!
無キズ?迷走始める前にかなり破壊しなかったか、貴様ら?
よし、マルスコーポレーションをたたき潰すぜ!
おー!
 

未来マルスコーポレーション
どうにか、もとの時代にもどれたようだぜ!
メインコンピュータは、つきあたりのへやよ!
何がおこるか わからぬ、いそいでまいろう!
メインコンピュータの位置まで知っているレイア嬢。この女…最後まで適当な事を。…はっ、まさかマルスコーポレーションの真の首領?ラスボスか!?
大量に出てくるライオン。エサ代に見合った効果があるとは思えない…。動物愛護団体が抗議してきた場合は「ロボット」と言い張れ。
倒したはずの黄金マスクがッ。まさか、ファラオの眠りを妨げた呪い?
倒したはずのリョフが何故ここに?
破壊したはずのメカ怪獣?二体も作っていやがったのか。
殺したはずの信長が…ん?これはメインコンピューター?いや、そんなはずはない!信長だけ復活しないなどという事は有り得ない。これは信長である。手ぇデカすぎだ、信長。

エンディング
SPIDER'S AND MARS CORPORATION'S SCHEME HAS BEEN WIPED OUT.
THIS IS THE FINALE. THE BATTLE THROUGHOUT THE AGES SEEMS TO COME TO AN END.
BUT REMEMBER, IT IS NOT EQUAL TO THE COMING OF PEACE.
PEACE IN THE FUTURE SHOULD BE BUILTY BY YOUR HANDS.
信長を倒して満足して走り去る3人。この後、一番後ろを走るレイアが前の2人に奇襲をかけるのではないかと思われる。
戦いは終わらない…